目前学校理工医科有数学科学学院、物理学系、化学系、高分子科学系、环境科学与工程系、信息科学与工程学院、计算机科学技术学院、软件学院、微电子学院、材料科学系、航空航天系、生命科学学院、大数据学院、大气与海洋科学系/大气科学研究院、类脑智能科学与技术研究院、基础医学院、药学院、公共卫生学院、护理学院、放射医学研究所、现代物理研究所/核科学与技术系、神经生物研究所、发育生物研究所、先进材料实验室、生物医学研究院、脑科学研究院、人类表型组研究院等27个院系（所）。

学校现有国家平台基地9个，包括国家重点实验室5个，国家临床医学研究中心2个，国家制造业创新中心1个，以及上海数学中心。现有各类省部级平台基地80个，包括科技部新农村研究院1个，教育部前沿科学中心1个，教育部重点实验室13个，教育部工程技术研究中心7个，教育部国际合作联合实验室1个，科技部国家国际科技合作基地5个，国家外专局学科创新引智基地8个，卫健委重点实验室9个，总后卫生部重点实验室1个，国家林业局野外台站1个，上海市重点实验室15个，上海市工程中心11个，省部共建协同创新中心1个，上海市协同创新中心2个，上海市研发公共服务平台专业技术服务平台4个。

近年来，学校科技工作始终坚持围绕服务国家战略和社会需求，承接国家和上海市重大科研项目，科研项目和经费规模稳步增长，科研能力逐步提升。从2016年到2018年，理科科技到款经费总计68.85亿元，获批牵头承担国家重点研发计划66项，承担国家自然科学基金2013项，新建校企联合实验室7家，获得国家奖项目奖3项、中华人民共和国国际科学技术合作奖1项、省部级一等奖18项、省部级人才奖3项，获得专利授权1049项。

新形势下，学校利用学科优势，提升社会服务能力，与地方政府共建张江研究院、无锡研究院和宁波研究院，与26个省市及地方政府签署科技合作协议；同时，通过创新转化机制，走出了一条具有复旦特色的成果转化之路，2016年学校签订的专利许可/转让合同金额超过5亿元。

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